gen dizilimi karşılaştırılması

Soru sor › gen dizilimi karşılaştırılması
0 Olumlu Oyla Olumsuz Oyla
merve tarafından 4 yıl önce soruldu


Merhaba öncelikle, benim elimde bir referans gen var ve 15 farklı hastadan alınmış DNA dizilerim var. Bu dizileri matlab programı yazıp referans genim ile karşılaştırıp figür ikideki sonuçları elde etmem gerekiyor. Figür 2 deki son sütun mutasyonun konumunu gösteriyor ama bir türlü yazamıyorum. Yardımcı olursanız sevinirim.

4 Cevap
0 Olumlu Oyla Olumsuz Oyla
En iyi cevap
Özgür Yönetici tarafından 4 yıl önce cevaplandı 
referans= 'ABCD';
hasta2 = 'ABCD';
hasta3 = 'CBCD';

karsilastirma1 = strcmp(referans,hasta2)
karsilastirma2 = strcmp(referans,hasta3)

Eğer karsilastirma1,karsilastirma2 … değerlerinin sonucu 0 ise mutasyon var demektir.
Ek olarak MATLAB'in struct,table,cell gibi veri türleri araştırarak nasıl kullanacağınızı öğrenmelisiniz.

0 Olumlu Oyla Olumsuz Oyla
merve tarafından 4 yıl önce cevaplandı

%%

A={}

A{1,1}='gctttacggttagtcctg'
A{2,1}='gatttacggttagtcctg'
A{3,1}='ggtttccggttagtcctg'
A{4,1}='ggtttacggttagtcctg'
A{5,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{6,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{7,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{8,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{9,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{10,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{11,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{12,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{13,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{14,1}='ggtttccggttagtcctg';
A{15,1}='ggtttacggttagtcctg';

M={}

for i= 1:15
M{i,1}=[A{i,1}];
M{i,2}=['patient',num2str(i)]
if A{i,1}=='ggtttacggttagtcctg'
M{i,3}=('no mutation');
else
M{i,3}=('mutation');
end
if A{i,1}~='ggtttacggttagtcctg'
M{i,4}=find(A{i,1}~='ggtttacggttagtcctg')
else
M{i,4}=0
end
end

0 Olumlu Oyla Olumsuz Oyla
merve tarafından 4 yıl önce cevaplandı

böyle bir kod yazdım ama neresinde hata yaptığımı anlayamadım konumlar hep 0 çıkıyor

0 Olumlu Oyla Olumsuz Oyla
Özgür Yönetici tarafından 4 yıl önce cevaplandı

Kodunuzda hata var düzelttiğim kodu deneyebilirsiniz.

clc
clear all
A={}

A{1,1}='gctttacggttagtcctg'
A{2,1}='gatttacggttagtcctg'
A{3,1}='ggtttccggttagtcctg'
A{4,1}='ggtttacggttagtcctg'
A{5,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{6,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{7,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{8,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{9,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{10,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{11,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{12,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{13,1}='ggtttacggttagtcctg';
A{14,1}='ggtttccggttagtcctg';
A{15,1}='ggtttacggttagtcctg';

M={}

for i= 1:15
M{i,1}=[A{i,1}];
M{i,2}=['patient',num2str(i)]
if A{i,1}=='ggtttacggttagtcctg'
M{i,3}=('no mutation');
else
M{i,3}=('mutation');
end
if A{i,1}=='ggtttacggttagtcctg'
M{i,4}=[0]
else
M{i,4}=find(A{i,1}~='ggtttacggttagtcctg')
end
end